急诊医学科目前形成了集“院前急救-院内急救-急诊病区-急诊监护室（EICU）”完整的急诊医学体系。承担着东莞及周边地区急危重症的救治任务及各种公共卫生突发事件应急保健任务。在院前急救、心肺脑复苏、脓毒症、中毒、严重多发伤、复合伤及疑难危重病人救治方面积累了丰富的临床经验。
生殖医学科成立于2013年，是东莞地区较早获得国家人类辅助生殖技术准入的生殖医学科室之一。科室诊治范围包括因性功能障碍、排卵功能障碍（如多囊卵巢综合征），输卵管性不孕、子宫内膜异位症、男方少弱畸精症等因素导致的不孕症等。目前“试管婴儿”临床妊娠率50%-60%左右。
临床营养科成立于2009年，位于医技楼一楼，内设普通门诊诊室，体重管理门诊诊室，肠内配制室，已形成一支老中青结合，专业技术职称结构合理的学术梯队，曾获得2013年度先进集体，2014年度医疗质控奖和人均工作量增幅奖，2017年度肠外营养工作先进单位。并每年组织参加全民营养周活动。
名医门诊是东华医院重点打造的特色科室，这里汇集了心血管内科著名专家杜志民教授、感染病专科著名专家谢奇峰教授、消化内镜著名专家崔毅教授及全院最优秀的专家团队，聚焦专科专病，荟萃临床精华，为客户提供精准的、可信任的诊疗方案，竭力为社会各界人士提供高品质的医疗保健服务。
健康体检科是集健康咨询、健康体检、疾病早筛、健康风险评估与干预等全面健康管理服务为一体的现代化、专业化健康体检科室，是东莞市公务员健康体检、东莞市人力资源招考公务员体检、东莞市征兵体检定点医院。目前健康体检合作企业团体单位有1000多家，年参检人次约20万。
心血管内科成立于1995年，现为广东省重点专科。科室形成了以冠状动脉疾病诊治和心脏起搏电生理为主要研究方向，以介入治疗为主要特色的优势学科。科室是中国胸痛中心认证单位、中国房颤中心认证单位、国家心力衰竭专病医联体成员单位、中国非公立医疗机构心血管专业委员会委员单位等。
神经内科下设高级卒中中心、认知障碍、神经感染免疫疾病、神经电生理、神经康复、癫痫、神经重症、周围神经及及肌肉病等亚专业。科室开放床位69张，其中卒中监护病房床位 9张，年住院患者3000余人，年门诊量近4万人。科室在临床工作中坚持“传、帮、带”，严格执行各项规范、制度，坚持每周多学科疑难病例讨论，确保优良的传统和医疗技术代代相传并发扬光大。
消化内科是国家临床重点专科，由病房、内镜中心、消化专科门诊、动物实验研究室四部分组成。科室除开展常见病、多发病外，还重点开展消化系统危重、疑难疾病和特色诊疗项目，并解决基层医院疑难疾病会诊。科室可治疗疑难少见疾病，如肝门部胆管癌的内镜治疗、不明原因腹水的病因诊断、食管气管瘘、巨大胃石、 Dieulafoσy病、嗜酸细胞性胃肠炎、十二指肠静脉曲张Wilson病、门静脉海绵样病门静脉血栓形成、Oddi括约肌功能异常等。
呼吸与危重症医学科为国家PCCM规范化建设达标单位，科室在肺栓塞、间质性肺炎等疑难病诊治及呼吸衰竭、重症肺炎、哮喘持续状态、感染性休克、多脏器功能衰竭等危重患者抢救方面积累了丰富的临床经验。
肿瘤科以恶性肿瘤化学药物治疗、靶向治疗、免疫治疗以及放射治疗为综合治疗模式，根据患者的实际病情制定合理规范的放化靶免个体化治疗方案，对肺癌、鼻咽癌、胃肠癌、肝癌、胰腺癌、乳腺癌、头颈部恶性肿瘤、恶性淋巴瘤、卵巢癌、宫颈癌、肉瘤、恶性黑色素瘤、儿童肿瘤等恶性肿瘤进行综合诊治。
内分泌科广泛开展内分泌代谢性疾病的诊断及治疗，包括：糖尿病、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症、甲状腺炎、甲状旁腺疾病、肾上腺功能亢进症，肾上腺功能减退症、腺垂体疾病、尿崩症、痛风症、血脂代谢紊乱、肥胖症的诊疗等。
血液科成立于1999年，有床位40张，包含6张百级层流病床，已发展为集临床、教学、科研于一体的综合性科室。主任医师1名，副主任医师1名，主治医师1名，住院医师3名。其中3人为硕士研究生，3人为临床专业本科生；主管护师3名，护师3名，护士6名。
肾病科成立于1995年，2011年被评为东莞市临床重点专科，2022年12月，肾病科入选广东省省级临床重点专科建设项目。是集临床、教学、科研为一体的综合发展专科。科室设有肾脏病病房、血液透析中心、腹膜透析中心、慢性肾脏病管理中心、肾脏病手术室，是省内为数不多的肾脏病一体化诊疗中心，引进了肾脏病智慧管理系统，使科室慢性肾脏病管理进入智能化、高效化时代。
风湿免疫科成立于 2017年2月14日 ，现开放病床33张，是一个集医疗、教学、科研于一体的独立专科，拥有风湿免疫科病区、风湿免疫专科门诊、痛风/关节炎专病门诊、免疫生殖门诊、关节超声门诊、风湿病康复护理门诊等专业单元，其中关节炎专病门诊、康复护理慢病管理门诊为东莞市首设，就医环境整洁舒适，设备精良，是东莞市综合医疗机构中规模较大的风湿免疫专业科室之一，系东莞市疑难风湿病诊治基地
临床心理科是以诊治社会因素所致身心病痛为特色的临床科室，由心理门诊和心理病房两部份组成。应用生物—心理—社会医学模式，以心理学与医学相结合，针对患者个体及其环境进行评估分析，采用物理治疗、药物治疗、音乐治疗、工娱治疗、心理治疗、家庭分析治疗等治疗方法，促进患者的身心健康。
感染科主要以收治传染病为主，对重型肝炎、病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝、自身免疫性肝病等具有较高诊治水平，处于东莞领先水平；还兼收治一些感染性疾病，如败血症，长期不明原因发热等。门诊包括肝炎门诊、脂肪肝门诊、肠道门诊和发热门诊四个部分，同时开设脂肪肝门诊、肠道门诊，多学科综合诊治脂肪肝疾病和感染性腹泻等。
中医科临床以中医为主、中西医结合的理论为指导，广泛开展针刺、艾灸、手法推拿、小儿推拿、耳穴、刮痧、火罐、针刀、穴位注射、穴位贴敷、中药内服及外敷等中医特色疗法，治疗内、外、筋伤、妇科、儿科、五官等疾病，尤其擅长颈肩腰腿痛等伤科病、脾胃病、肿瘤、面瘫、皮肤疾患等疾病的中医综合治疗。
全科医学科创建于2018年，现有两个病区总床位81张，全科医学科普通病区位于第二住院部17楼，设有25张床位，贵宾病区位于众和楼18-19楼，设有56张VIP床位。。其中全科医学科二区是东华医院为患者提供的VIP高端医疗区域，可实现覆盖全流程的优质服务。
ICU成立于1997年，2011年12月被评为省临床重点学科，是广东省东莞市医学会重症医学分会的第一届主委单位。科室常规开展三级医院必备临床技术项目，重点的诊疗项目包括体外膜肺在重症呼吸衰竭或者循环衰竭病人中的应用、血液透析与腹膜透析治疗在危重病人中的应用，严重多发伤、复合伤病人的救治等。
康复医学科以中医传统治疗为主，并开展现代康复治疗，为我院重点发展专科，现为中华医学会东莞市物理医学与康复学分会副主任委员单位、东莞市慈善协会“海豚计划”脑瘫儿童康复专项基金项目康复服务定点机构。
神经外科成立于1999年，神经外科将依托国内的神经外科与我院的联盟单位力量，整合资源和国内神经外科专家甚至国外的专家力量，充分利用互联网技术，实行专家、临床、科研、教学、患者等资源共享，搭建医院与医院之间、医院与患者之间的沟通与交流平台，平台通过资源共享、优势互补、上下联动的新型、科学发展形式，加快我院神经外科专业进一步发展。
普外一区拥有胃肠外科及甲状腺外科两个学科，是东华医院集临床、教学与科研一体的重点学科，连续多年被医院评为先进科室。科室拥有一流的人才队伍，硕士研究生以上学历11人，技术力量雄厚。
心胸外科具有扎实的专业知识和高超的专业技能，能开展国内三甲医院胸心外科所开展的各种诊疗项目，具有特色技术包括胸腔镜微创手术、风湿性心脏病（Rheumatic Heart Desease缩写R.H.D）、先天性心脏病、法乐氏四联症（Teralogy of Fallot 简称F4）、冠状动脉粥样硬化性心脏病（Coronary Arterosclerotic Heart Desease 缩写CAD）、食管癌、肺癌。
东华医院乳腺科于2016年开始独立成科，2018年成为医院重点发展专科。科室业务范围主要是各种乳腺良恶性疾病的诊治，包括乳腺癌、乳腺良性肿瘤、哺乳期乳腺炎和非哺乳期乳腺炎、乳腺增生、乳腺疼痛等疾病的手术以及非手术治疗。乳腺的整形手术包括乳房假体重建；背阔肌、腹直肌等肌皮瓣乳房重建手术；腔镜下男性乳腺发育手术、乳腺癌保乳手术、重建手术等；缩乳术、乳头内陷矫正术以及脂肪注射隆乳术等。
泌尿外科成立于1995年，2010年被评为东莞市临床特色专科，拥有独立的检查室和治疗室，设有体外震波碎石室、内腔镜室、前列腺综合治疗室等功能单位。全年门、急诊近8万余人次，住院手术2000例次以上。
骨科创建于1997年，历经20多年的发展，科室已发展为集临床、科研 、教学、服务于一体化的品牌专科，拥有创伤骨科、脊柱外科、骨关节外科 手足血管显微外科及康复骨科等5个独立的亚专科，2017年被评为东莞市临床重点专科，东华骨科秉承精益求精，精益服务的建设理念服务社会，造福桑梓。
医疗美容部成立于2000年，位于众和楼1楼，是集高端医疗技术及先进美学理念为一体的医疗美容科室。前身“烧伤整形科”于2013年被评为广东省临床重点专科，另外于2022年合并皮肤科共同组成医学美容部，诚挚为爱美人士提供高科技、高水准、高质量的一站式整形美容服务。
疼痛科成立于2015年，科室可治疗疾病：颈源性头痛、三叉神经痛、舌咽神经痛、糖尿病周围神经病变、脊髓损伤后疼痛、带状疱疹及带状疱疹后神经痛、中枢痛、幻肢痛、肌筋膜炎、关节疼痛、腰腿痛、骨髓疼痛、周围性面神经麻痹、突发性神经性耳聋、臂丛神经损伤后疼痛、腰椎手术失败综合征、腰脊神经后支卡压综合征、椎间盘源性颈腰痛疾病等。
肛肠科为东莞市肛肠联盟合作单位。肛肠科由肛肠科门诊、病房、手术室、检查室、治疗室等五个部分主体组成，其中，治疗室集结肠水疗、中药熏洗、创面护理等功能为一体，是进行术前准备、术后伤口护理、便秘患者进行肠道功能训练的地方。
麻醉科手术室是医院最早成立的科室之一，经过多年的发展和建设已成为在广东省内及东莞地区具有一定影响力的麻醉科团队，2017年成为全国麻醉专业规培基地，中国医师协会麻醉学医师分会舒适化医疗培训基地，围术期智能镇痛大数据建设广东省联盟单位，2022年获批广东省医学会麻醉学分会加速康复外科实践基地、可视化技术实践基地。
肿瘤与血管介入科是集外周血管介入治疗、肝脏疾病介入治疗、肿瘤介入治疗为一体的特色专科。科室常规开展肿瘤及外周血管疾病的介入治疗，具体病种范围包括：下肢动脉闭塞、糖尿病足、下肢深静脉血栓、大隐静脉曲张、主动脉夹层、腹主动脉瘤；肝癌、肺癌、子宫肌瘤、子宫腺肌症等。
妇科设有普通妇科、妇科肿瘤、妇科腔镜、妇科内分泌、妇科门诊、人工流产手术室等专业单元。门诊亚专科包括更年期门诊、计划生育门诊、宫腔镜诊疗专科门诊、子宫内膜异位症专科、宫颈阴道病变专科、出院及术后随访、普通妇科专科门诊。科室的业务范畴主要涉及女性生殖系统的各类常见病、疑难病、危重病及相关专业疾病的预防、诊断及治疗，并承担基层医院疑难疾病会诊职能工作。
产科由产科门诊、产前诊断门诊、产科病房等单元组成。产科门诊为广大孕产妇提供全方位的产前检查、孕期保健、高危孕妇筛查；产前诊断门诊为高危孕妇提供优生优育和遗传咨询服务，有完整的孕妇定期产前检查、指导孕期营养和用药。通过提供规范的产前筛查及产前诊断项目，及时发现先天异常胎儿，以提高出生人口质量。产科门诊还开设助产士咨询课堂，将孕期自我监护、孕妇保健操、拉玛泽减痛分娩法、新生儿及产褥期护理知识传授给孕产妇。
儿科由儿科住院部、儿科门诊、儿科急诊组成。儿科以儿童呼吸病、儿童消化病及儿童重症疾病管理为主要研究方向，涵盖儿童呼吸、儿童消化、儿童心血管、儿童神经、儿童感染、儿童肾脏、儿童血液、儿童重症监护、儿童内分泌及遗传代谢、儿童风湿免疫等亚专业。
儿科新生儿专业医疗技术水平继续在市内保持领先地位。极早产儿、超早产儿救治成功率高，绝大多数超早产儿预后良好，科室救治成功的最小超早产儿体重仅500克。对急性呼吸窘迫综合症、新生儿肺出血、感染性休克、持续肺动脉高压、新生儿重度窒息、颅内出血、新生儿缺氧缺血性脑病和支气管肺发育不良等危重症的救治与管理有一套先进方案，抢救成功率较高，并已逐步建立起神经发育高危的随访制度。
眼科成立于1995年，是东莞市临床重点专科。科室专业技术全面，先后开展了各项复杂及先进手术，各种复杂及精准屈光白内障手术、FS200+EX500全个性化飞秒激光手术、青光眼引流阀/引流钉植入术、23G/25G微创玻璃体手术及人工玻璃体球囊植入等。
耳鼻咽喉头颈外科拥有耳内科、耳显微外科、鼻内镜外科、咽喉科、头颈外科等5个亚专科，科室配有耳鼻咽喉多功能诊疗台、高清内镜系统、耳鼻喉科等离子低温射频手术系统、耳鼻科手术动力系统、纯音测听仪、中耳分析仪、听觉脑干诱发电位仪（丹麦产）、耳声发射、喉显微手术器械、耳显微手术器械等设备。
产后康复科（龙凤汇月子会所）位于东莞东华医院众和楼，共有61间套房，倾情打造专业、舒适、高端、尊贵的月子生活。会所依托东华医院专家团队，为宝妈量身定制系列专业产后康复服务，如专家每日查房，产后盆底修复、塑形指导、美容养颜、营养膳食调理等，同时提供科学专业的新生儿照护服务。
超声科成立于1995年，是东莞市医学会超声医学分会副主任委员单位、广东省临床医学学会华南超声医学专科联盟成员等。超声亚专业设置心血管组、腹部浅表组、介入组、产前诊断组、妇科组、体检等。科室拥有超过3000平方米的业务用房，各诊疗区域设置合理，方便患者就诊，其中专业诊室40间，配套介入手术室1间，观察室1间。
检验科是一所集科研、教学、临床于一体的现代化综合性医学检验科室，下设临床检验、临床生化、临床免疫、临床微生物、血液细胞学、流式细胞学及医学遗传学共7个专业实验室，在质量建设、服务创新和学科建设方面处于东莞市领先水平。
放射科创建于1995年，是医院成立的第一批主要医技科室之一，2018年获批国家放射专业住培基地，2021年被评为东莞市临床重点专科。
科室共有医技护人员132名，诊断医师43人，其中博导、教授1人，主任医师5人，副主任医师8人，主治医师9人；技术人员45人，其中主任技师1人，副主任技师8人，主管技师5人，技师16人，助理技师及技士11人。
药学部药学部是东莞市第一批的临床药师培训基地、东莞市不良反应监测哨点医院、东莞市化妆品监测哨点医院，承担东莞市临床药师培训，进修生、实习生等培养工作。医院GCP于2019年3月获得国家药物临床试验机构资格认定，2019年备案医疗器械临床试验机构，2020年分别备案药物临床试验。
高压氧治疗作为一种特殊治疗手段，对各种气体中毒及中毒性脑病、急性气栓症、休克、脑水肿、冠心病、脑动脉硬化症、脑梗塞、脑出血、脑损伤、视网膜动脉血栓阻塞、突发性耳聋、植皮及断肢再植术后、新生儿缺血缺氧性脑病、小儿脑瘫、支气管哮喘、神经衰弱、颈椎病、脊髓损伤、骨折创伤、放射性损伤等多种急慢性缺血缺氧性疾病的治疗均有较好的疗效。
输血科成立于2005年12月，是东莞市较早成立的规范化的输血科，现已发展成为设施设备齐全、人才梯队合理、技术项目全面、管理规范、具有较高科研教学能力，在本地区享有良好声誉的临床输血科。
心电生理科，是集医疗和教学于一体的医技专科。检查项目包括心电图检查，24小时动态心电图，24小时动态血压，平板运动试验。现有心电图设备6台，24小时动态心电图设备21台，24小时动态血压设备12台，平板运动试验设备1台。业务上长期服务与协助于临床科室，为患者的冠心病、高血压病、急性心肌梗死、心律失常、先天性心脏病、风湿性心脏病等提供诊断依据，评估治疗后恢复情况，手术前常见心脏疾病筛。
